1、研发国家不同：BDS是中国研制的全球卫星导航系统；GPS是美国研制的卫星导航与定位系统。
2、功能不同：BDS有星间链路和短报文功能；GPS无有星间链路和短报文功能。
3、卫星性质和卫星高度不同：GPS的卫星均是地球中圆轨道卫星（MEO），平均轨道高度约为20200千米；BDS的卫星包括地球同步卫星（GEO）、倾斜轨道同步卫星（IGSO）和中圆轨道卫星（MEO）。卫星轨道高度分别是35768千米、35768千米、21528千米。
北斗卫星导航系统是由中华人民共和国自主建设、独立运行的卫星导航系统，能为全球用户提供全天候、全天时、高精度的定位、导航和授时服务。北斗系统发展共分为三代，现已发展到第三代北斗卫星导航系统，为全球服务。
北斗的工作流程：终端设备向卫星发出请求信息，卫星向地面控制中心请求高程数据，地面控制中心将高程数据发送给卫星，卫星将高程数据发送给终端设备，终端设备根据数据计算坐标。北斗与其他系统不同，是有源定位系统，即地面需要向卫星发送数据；北斗还需要地面提供数据支持，否则不能定位。
北斗的优点：兼有定位、授时和信息功能；一台主控机定位后可以协助周围的终端机定位；并且控制中心能够获取任何终端的位置。